PMB jalur SPAN-PTKIN telah berakhir, dan IAIN Pekalongan menerima sebanyak 1.284 calon mahasiswa baru. Pada saat ini, calon mahasiswa baru dari jalur SPAN-PTKIN sedang dalam proses pembayaran Uang Kuliah Tunggal (UKT) di Bank Tabungan Negara (BTN) seluruh Indonesia. Sehubungan situasi dan kondisi pandemi covid-19, pembayaran UKT calon mahasiswa baru jalur SPAN-PTKIN yang semula berakhir 19 Juni 2020 diperpanjang hingga 30 Juni 2020.
Setelah sistem PMB Jalur SPAN-PTKIN berakhir, kini IAIN Pekalongan membuka Penerimaan Mahasiswa Baru melalui jalur UM-PTKIN yang dijadwalkan berakhir 30 Juni 2020. Pelaksanaan ujian akan dilaksanakan mulai 15 Juli s.d 22 Juli 2020 dan pengumuman kelulusan 28 Juli 2020. PMB jalur UM-PTKIN merupakan seleksi penerimaan mahasiswa baru yang diperuntukkan bagi siswa lulusan tahun 2018, 2019 dan 2020 dari Satuan Pendidikan MA/MAK/SMA/SMK/Pesantren Muadalah atau yang sederajat dan memiliki izin dari Kementerian Agama RI. Pendaftaran PMB jalur UM-PTKIN dilakukan secara online di seluruh Indonesia melalui laman https://www.um-ptkin.ac.id. Pelaksanaan ujian PMB jalur UM-PTKIN menggunakan Sistem Seleksi Elektronik (SSE), yaitu ujian seleksi berbasis komputer yang terbagi dalam tiga kompetensi, yaitu Tes Kemampuan Dasar/TKD (Tes Potensi Akademik, Bahasa, Keislaman), Tes Kemampuan Bidang IPA dan Tes Kemampuan Bidang IPS.
Adapun informasi mengenai PMB jalur UM-PTKIN dapat diakses melalui https://www.um-ptkin.ac.id/home/informasi dan brosur PMB IAIN Pekalongan di https://www.iainpekalongan.ac.id/info/704-brosur-pendaftaran-mahasiswa-baru-tahun-akademik-2020-2021._(Humas Bagian Umum)