IAIN Pekalongan menerapkan Uang Kuliah Tunggal (UKT) berdasarkan Keputusan Menteri Agama,
Keputusan Menteri Agama RI Nomor 1195 Tahun 2019 tentang Uang Kuliah Tunggal (UKT) Tahun Akademik 2020/2021